1. Pondok Modern Darussalam Gontor
Pondok Modern Darussalam Gontor atau lebih dikenal dengan Pondok Gontor didirikan pada 10 April 1926 di Ponorogo, Jawa Timur oleh tiga bersaudara putra Kiai Santoso Anom Besari. Tiga bersaudara ini adalah KH Ahmad Sahal, KH Zainudin Fananie, dan KH Imam Imam Zarkasy dan yang kemudian dikenal dengan istilah Trimurti.
Pondok Persantren ini sangat terkenal di indonesia. santri-santrinya tidak hanya datang dari seluruh Indonesia tetapi dari luar negri juga banyak yang datang untuk belajar di pondok ini, seperti Malaysia, Jepang,Amerika, Sudan, Singapura, Thailand dll
Lulusan Pondok Gontor banyak yang duduk di kursi DPR RI, Mentri, dll seperti Nurkholis Majid, DR.Din Samsudin, Hidayat Nurwahid, Dll
2.Pondok Pesantren Tebu Ireng
Pondok Pesantren Tebuireng adalah salah satu pesantren terbesar di Kabupaten Jombang, Jawa Timur. Pesantren ini didirikan oleh KH. Hasyim Asy'arie pada tahun 1899. Selain materi pelajaran mengenai pengetahuan agama Islam, ilmu syari’at, dan bahasa Arab, pelajaran umum juga dimasukkan ke dalam struktur kurikulum pengajarannya. Pesantren Tebuireng telah banyak memberikan konstribusi dan sumbangan kepada masyarakat luas baik, terutama dalam dunia pendidikan Islam di Indonesia.
3.Pondok Pesantran Gontor Putri
Pondok Gontor Putri mantingan ngawi merupakan pengembangan dari pondok modern Gontor Ponorogo, cuman pondok modern Gontor Putri hanya dikhususkan untuk putri saja, dan tidak ada santri pria yang belajar disana. metode pengajarannya juga sama dengan pondok modern gontor putra Ponorogo
4.Pondok Pesantren Darunnajah
Pada tahun 1942 K.H. Abdul Manaf Mukhayyar mempunyai sekolah Madrasah Al-Islamiyah di Petunduhan Palmerah. Tahun 1959 tanah dan madrasah tersebut digusur untuk perluasan komplek Perkampungan Olah Raga Sea Games, yang sekarang dikenal dengan komplek Olah Raga Senayan. Untuk melanjutkan cita-citanya, maka diusahakanlah tanah di Ulujami.
Tahun 1960, didirikan Yayasan Kesejahteraan Masyarakat Islam (YKMI), dengan tujuan agar di atas tanah tersebut didirikan pesantren. Periode inilah yang disebut dengan periode cikal bakal, sebagai modal pertama berdirinya Pondok Pesantren Darunnajah.
Tahun 1960, didirikan Yayasan Kesejahteraan Masyarakat Islam (YKMI), dengan tujuan agar di atas tanah tersebut didirikan pesantren. Periode inilah yang disebut dengan periode cikal bakal, sebagai modal pertama berdirinya Pondok Pesantren Darunnajah.
5.Pondok Pesantran Langitan
Pondok Pesantren Langitan adalah salah satu lembaga pendidikan Islam tertua di Indonesia. Berdirinya lembaga ini jauh sebelum Indonesia merdeka yaitu tepatnya pada tahun 1852, di Dusun Mandungan, Desa Widang, Kecamatan Widang, Tuban, Jawa Timur. Komplek Pondok Pesantren Langitan terletak di samping bengawan Solo dan berada di atas areal tanah seluas kurang lebih 7 hektar.
6. Pondok Pesantren Al-Zaytun
Al-Zaytun dibangun oleh bangsa Indonesia yang bergabung dalam sebuah yayasan yang didirikan pada tanggal 01 Juni 1993 bertepatan dengan 10 Dzu al-Hijjah 1413 H yaitu Yayasan Pesaintren Indonesia (YPI)
Al-Zaytun yang merupakan usaha unggulan Yayasan Pesantren Indonesia (YPI) pembangunannya dimulakan pada 13 Agustus 1996. Beralamat di Desa Mekar Jaya, Kecamatan Gantar, Kabupaten Indramayu, Jawa Barat. Pembukaan awal pembelajaran dilaksanakan pada tanggal 1 Juli 1999, dan peresmian secara umum dilakukan pada 27 Agustus oleh Presidan RI ke-3, Prof.Ing. B.J Habibie
